Yaz tatiline girerken Kei Nagai, okuldan dönerken geçirdiği kazada herkesin önünde yeniden ayağa kalkıyor. O anda Ajin olduğunu öğreniyor. Ölmeyen bu insanlar yıllardır korku ve ödül ilanlarıyla anılıyor, bu yüzden Kei evine bile güvenemeden kaçmaya başlıyor. Polis peşine düşüyor, haberler yüzünü yayıyor, sığınacak yer giderek azalıyor. Mamoru Miyano'nun Kei Nagai'si soğukkanlı kalmaya çalışırken, en güvendiği kişi olan Yoshimasa Hosoya'nın Kaito'su ona yardım etmek için büyük risk alıyor. Kei saklanırken başka Ajinlerle ilgili deneyleri, silahlı takipleri ve hükümetin yöntemlerini görüyor. Kısa sürede mesele yalnızca hayatta kalmak olmuyor, kimlerin onu avladığını ve neden bu kadar değerli sayıldığını da anlaması gerekiyor.