Colony, işgal altındaki Los Angeles'ta kayıp oğullarını arayan bir çiftin hikayesini anlatıyor. Şehir, dışarıdan gelen güçlerin kurduğu yüksek duvarlarla bölünüyor ve sert kurallarla yönetiliyor. Eski FBI ajanı Will Bowman, ailesini yeniden bir araya getirmek için işgal yönetimiyle çalışmayı kabul ediyor. Will Bowman rolünde Josh Holloway var. Eşi Katie ise oğluna ulaşmak için farklı bir yol izliyor ve direnişçilerle bağlantı kuruyor. Will, görevleri sırasında Broussard'ın peşine düşerken Katie bildiklerini eşinden saklıyor. Proxy Snyder, Will üzerindeki baskıyı artırıyor ve başarısızlığın ailesine zarar vereceğini açıkça söylüyor. Bowman ailesi, gözetim ve baskı altında oğullarının izini bulabilecek midir?