Yıl 2071... Dünya'yı harabeye çeviren hiperuzay kazasının üzerinden yaklaşık elli yıl geçmiştir. İnsanlık, Güneş Sistemi'ndeki gezegenlere ve uydulara yayılmıştır. Suç oranı artınca, yakalanan kaçaklar için ödül sistemi kurulmuştur. Spike Spiegel ve Jet Black, Bebop adlı gemileriyle bu suçluların peşine düşmektedir. İkilinin işleri çoğu zaman planlandığı gibi gitmemektedir. Ödüller kaçar, gemi hasar görür ve elde edilen para masraflara yetmez. Faye Valentine ile Edward da zamanla ekibe katılmaktadır. Bebop mürettebatı yeni hedefleri kovalarken tehlikeli çetelerle, silahlı suçlularla ve geçmişlerinden gelen sorunlarla karşılaşmaktadır. Spike'ın eski hesapları ise her görevde biraz daha yakınına gelmektedir. Seslendirme kadrosunda Kohichi Yamadera, Unshou Ishizuka, Megumi Hayashibara, Aoi Tada ve Takeshi Aono yer almaktadır.