Yıl 1477... Floransa'da yaşayan 25 yaşındaki Leonardo da Vinci, insanüstü zekâsıyla çağının sınırlarını zorlamaktadır. Makineler, silahlar ve uçuş düzenekleri tasarlayan Leonardo, Kilise'nin dogmalarına karşı çıkmaktadır. Gayrimeşru doğumu ve babası tarafından kabul edilme arzusu, zihnindeki karanlığı büyütmektedir. Lorenzo Medici'nin yönetimindeki şehir, siyasi hesaplar ve Borgia ailesinin baskısıyla kuşatılmıştır. Leonardo, Lucrezia Donati, Vanessa Moschella ve Zoroaster ile kurduğu ilişkiler içinde tehlikeli görevlere çekilmektedir. Askerî mühendislik yetenekleri onu iktidar mücadelelerinin merkezine taşımaktadır. Bu sırada Yeryüzünün Evlatları adlı gizemli topluluk, Leonardo'nun bastırılmış anılarına ulaşmasını istemektedir. Hafıza Çeşmesi'ne uzanan arayış, onu kadim öğretiler, kayıp kayıtlar ve kendi geçmişiyle karşı karşıya getirmektedir.