Hintli prens Nemo, zincire vurulup yurdundan koparılmıştır. Denizlerin altına sığınan Nemo, kendi kurduğu Nautilus ile bilinmeyen rotalara açılmaktadır. Yanında Benoit, Youngblood ve farklı geçmişlerden gelen bir mürettebat vardır. Bu yolculukta hedef sadece kaçmak değildir. Crawley ve Cuff, Nemo’nun peşine düşmekte, onu yeniden kontrol altına almak istemektedir. Nautilus, dev canlıların dolaştığı karanlık sulardan geçmekte, batıklar ve saklı geçitlerle dolu bölgelerde ilerlemektedir. Her durakta yeni bir tehdit ortaya çıkmaktadır. Mürettebat hayatta kalmaya çalışırken, Nemo’yu sürgüne gönderen insanların izleri de karşılarına çıkmaktadır. Nemo, hem denizin altındaki tehlikelerle hem de geçmişinden gelen hesaplarla yüzleşmek zorunda kalmaktadır.