Ōoku: The Inner Chambers, erkek nüfusunun salgın yüzünden hızla azaldığı alternatif bir Japonya’da kadın şoguna hizmet eden erkeklerin hikayesini anlatıyor. Ülkenin yönetimi kadınların eline geçerken, seçilmiş erkekler Ōoku adlı sarayın iç bölümlerinde yaşamaya başlar. Madenokōji Arikoto, iradesi dışında buraya getirilir ve Tokugawa Iemitsu’nun hizmetine verilir. Arikoto, Lady Kasuga’nın sert kurallarıyla karşılaşır ve eski hayatından koparılır. Yanında bulunan Gyokuei, ona destek olmaya çalışır. Iemitsu ise şogunluk görevleri ve saraydaki baskılar arasında kendi kararlarını vermek ister. Arikoto ile Iemitsu birbirlerini tanıdıkça aralarındaki mesafe azalır. Ne var ki Ōoku’daki rekabet, Sutezō’nun gelişi ve bir varis beklentisi, ikisini zor seçimlerle karşı karşıya bırakır.