Süper kahramanların ve uzaylıların varlığı artık tüm dünya tarafından biliniyor. Ajan Phil Coulson yeniden göreve dönüyor ve S.H.I.E.L.D. bünyesinde özel bir ekip kuruyor. Melinda May saha operasyonlarını yürütüyor, Jemma Simmons bilimsel incelemeleri üstleniyor. Daisy Johnson ise Skye adıyla tanınan yetenekli bir bilgisayar korsanı olarak ekibe katılıyor. Daha sonra Alphonso Mackenzie de teknik bilgisi ve gücüyle operasyonlarda yer alıyor. Ekip, Yükselen Gelgit adlı gizli grubun izini sürerken açıklanamayan olaylarla karşılaşıyor. Tehlikeli teknolojiler, insanüstü güçler ve dünya dışı tehditler her görevi daha riskli hale getiriyor. Coulson ve ajanları, olağan insanları bu bilinmeyen tehlikelerden korumak için dünyanın farklı bölgelerine gidiyor. Ancak karşılarına çıkan düşmanlar, yalnızca sahada değil, S.H.I.E.L.D. içinde de sorun yaratıyor.