Shogun, feodal Japonya’da karaya vuran bir İngiliz denizcinin güçlü derebeyleri arasındaki iktidar kavgasına karışmasını konu alıyor. Ülkeye yabancı olan John Blackthorne, dilini ve kurallarını bilmediği bu topraklarda hayatta kalmaya çalışır. Hiroyuki Sanada’nın oynadığı Yoshii Toranaga, rakiplerinin kendisini düşürmek için kurduğu baskıyı kırmak ister ve Blackthorne’u elindeki hesapta kullanır. Mariko, iki dünya arasında köprü kurarken hem Blackthorne’a yol gösterir hem de kendi yükünü taşır. Ishido, Toranaga’yı kuşatmak için saraydaki ittifakları sıkılaştırır. Yabushige ise çıkarına göre taraf değiştirir, verdiği her karar yeni bir risk doğurur. Sarayda pazarlıklar yapılır, limanlarda silahlar aranır, savaş hazırlığı her adımda hissedilir.