The Institute, ailesi öldürüldükten sonra kaçırılan Luke Ellis’in, doğaüstü yeteneklere sahip çocukların tutulduğu gizli bir tesisten kurtulma mücadelesini anlatıyor. Gece evine giren saldırganlar Luke’un hayatını bir anda değiştirir. Gözlerini açtığında kendini Enstitü adı verilen kapalı bir yerde bulur. Burada Kalisha, Nick ve başka çocuklarla tanışır. Hepsinin farklı güçleri vardır ve bu yüzden burada tutulurlar. Çocuklar üzerinde acımasız deneyler yapılır, kurallara uymayanlar sert cezalar görür. Luke kısa sürede bazı çocukların deneylerden sonra geri dönmediğini fark eder. Dışarıda ise Tim Jamieson kendi yolunu kurmaya çalışırken bu karanlık yapıyla ilgili izlere yaklaşır. Luke ve arkadaşları, içeriden çıkmak için dikkatli bir plan kurar.