The Swarm'da, dünyanın farklı kıyılarında deniz kaynaklı ve açıklanamayan felaketler yaşanmaktadır. Balinalar teknelere saldırmakta, zehirli canlılar yayılmakta ve okyanus tabanında tehlikeli değişimler görülmektedir. Bilim insanları bu olayların ortak bir nedene bağlı olduğunu fark etmiştir. Dr. Sigur Johanson'a hayat veren Alexander Karim, denizlerdeki olağan dışı hareketleri araştırmaktadır. Dr. Cécile Roche'a hayat veren Cécile de France ise hızla büyüyen tehdidi anlamaya çalışmaktadır. Charlie Wagner, Leon Anawak ve Riku Sato da farklı bölgelerden gelen verileri bir araya getirmektedir. Bulgular, denizin derinliklerinde kolektif bir zekanın yaşadığını göstermektedir. İnsan faaliyetleri bu varlığın yaşam alanına zarar vermiştir. Şimdi bilim ekibi, saldırıları durdurmak ve insanlıkla okyanus arasındaki savaşı önlemek için zamana karşı çalışmaktadır.