Tree with Deep Roots, Kral Se-jong döneminde saray bilginlerini hedef alan cinayetleri araştıran bir muhafızın hikayesini anlatıyor. Gyeongbok Sarayı'nda Jiphyeonjeon bilginleri art arda öldürülmektedir. Kraliyet muhafızı Kang Chae-yoon, katili bulmak ve cinayetlerin arkasındaki amacı öğrenmekle görevlendirilmiştir. Bu sırada Kral Se-jong, halkın kolayca okuyup yazabilmesi için yeni bir alfabe hazırlamaktadır. Kral Se-jong rolünde Han Suk-kyu var. So-yi, alfabe çalışmalarında önemli bir görev üstlenmektedir. Moo-hyul kralı korurken Yoon Pyeong, sarayın içindeki gizli mücadelede etkili olmaktadır. Kang Chae-yoon soruşturmayı derinleştirdikçe ölümlerin yeni yazı çalışmalarını durdurmak isteyen kişilerle bağlantılı olduğunu fark etmektedir. Katil yeniden harekete geçerken alfabenin tamamlanması da tehlikeye girmektedir.