Yeni Papa'da, Papa Pius XIII komada yaşam mücadelesi verirken Vatikan yeni bir lider arıyor. Kardinal Voiello, Kilise içindeki baskıları azaltacak ılımlı bir aday bulmaya çalışıyor. Seçim, İngiliz aristokrat Sir John Brannox üzerinde sonuçlanıyor. Brannox, III. John Paul adını alarak papalık görevine başlıyor. Zarif ve mesafeli tavrıyla dikkat çekse de ailesiyle yaşadığı sorunlar ve geçmişindeki kayıplar onu yalnız bırakmıyor. Sofia Dubois ve Kardinal Gutierrez, Vatikan'daki gelişmeleri yakından izliyor. Bu sırada Pius XIII'in hayatta olması, yeni papanın otoritesi üzerinde büyük bir baskı yaratıyor. Vatikan, iki güçlü dini figür arasında nasıl bir yol izleyeceğini belirlemeye çalışıyor.