12 Maymun'te, ölümcül bir virüs 1996 yılında dünyanın büyük bölümünü kırıp geçirir. Sağ kalanlar yer altındaki kolonilere çekilirken, mahkum James Cole virüsün kaynağını bulmak için geçmişe gönderilir. Görev sırasında yanlışlıkla 1990 yılına düşer ve burada delil toplamaya çalışır. 1996’ya vardığında bir akıl hastanesine kapatılır, Dr. Kathryn Railly ile tanışır ve yaşadıklarının gerçek olduğunu ona anlatmaya uğraşır. Bu sırada Jeffrey Goines ve Dr. Goines ile karşılaşır. Cole, virüsün izini sürerken zaman yolculuğunun yarattığı karmaşa içinde ilerlemeye çalışır.