Afacan Köpek Beethoven'da, Newton ailesi evlerine Beethoven adında iri bir yavru köpek alır. George Newton önce bu yeni misafiri idare etmeye çalışır, Alice evin düzenini korumaya uğraşır. Ted ve Ryce ise Beethoven ile uğraşırken evde işler durmadan karışır. Beethoven büyür, her yere girer, masalara çıkar, yemekleri kapar. Bir yandan sevimlidir, bir yandan da George'un sabrını zorlar. Dr. Varnick ise bu köpeğin peşine düşer ve aileyi yeni bir dertle karşı karşıya bırakır. Newton'lar, Beethoven'in açtığı sorunları çözerken onu da aileden biri gibi korumaya çalışıyor.