MS 391 yılında İskenderiye, Roma egemenliği altında çalkalanır. Hipatia, geleceğin yöneticilerinin eğitim gördüğü okulda ders verirken, babası Theon’un kölesi Davus ona yardım eder ve ona gizlice bağlanır. Kentte Paganlar ile Hıristiyanlar arasındaki gerilim büyür, sokaklarda saldırılar başlar. Hıristiyanlar tanrı heykellerini kırar, bir rahibin ateşte ölmesi üzerine Orestes ve Theon karşı hamle planlar. Çatışma büyüyünce Theon ağır yaralanır, Hipatia ve yanındakiler Serapeum Kütüphanesi’ne sığınır. Kütüphane kuşatılır, Roma’dan gelen emirle Paganlar affedilir, ancak Hıristiyanlar yapının kontrolünü ele geçirir.