Alkatraz Kuşçusu'te, Robert Stroud ömür boyu hapse mahkum edilir ve hücresinde yalnız kalır. Bir gün yaralı bir kuş bulur, onu iyileştirir ve bu küçük olay Robert Stroud'un hayatını değiştirir. Zamanla kuşlara ilgi duyar, onların bakımını öğrenir ve hapishane içinde bu işte ustalaşır. Harvey Shoemaker ile karşı karşıya gelir, Stella Johnson ve Elizabeth Stroud da Robert Stroud'un çevresindeki hayatı etkiler. Robert Stroud farklı cezaevlerine gönderildikçe kuşlarla bağını koparmıyor, hatta Alcatraz'da da onlara bakmayı sürdürüyor. Bull Ransom gibi sert isimlerin arasında, Robert Stroud kendi alanını korumaya çalışır ve günleri kuşlarla geçer.