Sean Davidson, Amerikan Ninja olarak görev alır ve ölümcül bir virüsü durdurmak için peşine düşer. Virüs, deli bir bilim adamının elinde teröristler için hazırlanmıştır ve Sean zamanla yarışır. Davranışları sertleşen düşmanlar karşısında farklı mekanlarda dövüşür, takip edilir ve sık sık köşeye sıkışır. Curtis Jackson rolündeki Steve James de Sean’a yardım eder, ikili birlikte iz sürer. The Cobra’ya hayat veren Marjoe Gortner ise bu ölümcül planın içinde yer alır. Chan Lee, Sean’ın yolunu kesen bir başka isim olarak öne çıkar. General Andreas da olayın merkezinde durur. Sean, izleri takip ederken laboratuvarlara, açık alanlara ve dar geçitlere girer. Her adımda yeni bir engel çıkar, ama virüsün yayılmasını durdurmak için mücadeleyi bırakmaz.