Callum Lynch, genetik geçmişindeki izleri çözmeye çalışan bir adamdır. Devletin eline düşünce, onu özel bir programa alırlar ve atası Aguilar’ın 15. yüzyıl İspanya’sındaki yaşamını zihninde yeniden yaşamaya başlar. Böylece Suikastçiler adlı gizli topluluğun bir parçası olduğunu öğrenir. Geçmişteki bu deneyimler, ona dövüşmeyi ve iz sürmeyi öğretir. Bu sırada Marion Cotillard'ın Dr. Sophia Rikkin'i, onu yakından izler ve yeteneklerini kullanmak ister. Callum, günümüzde Tapınakçılarla bağlantılı güçlü bir örgütün baskısıyla karşı karşıya kalır. Aguilar’ın yaşadıkları, ona kendi ailesinin mirasıyla mücadele etme gücü verir.