Automata, robotların insanlardan daha ileri bir noktaya ulaştığı yakın bir gelecekte, sigorta ajanı Jacq Vaucan'ın bir dizi garip olayı araştırmasını anlatıyor. Jacq, çölde ve şehirde bozulan robotların izini sürerken bunların kendi kendine değiştirildiğini fark eder. Araştırması onu robot üreticisi bir şirketin kapısına götürür. Burada Dr. Susan Dupré ile karşılaşır ve makinelerin davranışlarını yakından inceler. Jacq, bu olayların arkasında Wallace'ın olduğunu öğrenir. Bu sırada eşi Rachel ile kurduğu hayat da baskı altındadır. Jacq, elindeki izleri birleştirirken robotların sınırlarını aşan bir gelişmeyle karşılaşır.