Austin Powers, Dr. Evil ve Mini'yi hapse attıktan sonra rahatlayamayan bir ajandır. Dr. Evil hapisten yine kaçıyor ve bu kez Austin’i daha doğmadan durdurmaya çalışıyor. Bunun için Austin’in babasına uzanıyor, planını kuruyor ve işi iyice büyütüyor. Austin bunu öğrenince hemen harekete geçiyor, Basil ona yeni bir iz veriyor. Foxxy Cleopatra da takibe giriyor, Number Two ise Dr. Evil’in yanında işi karıştırıyor. Scott Evil de kendi hesabını yapıyor. Austin, iz sürerken geçmişe uzanan bu planın peşine düşüyor. Karşılıklı hamleler artıyor, kaçışlar yaşanıyor ve her adımda işler biraz daha zorlaşıyor.