Paddington, Brown ailesiyle birlikte Peru’ya giderek Emekli Ayılar Evi’nde yaşayan Teyzesi Lucy’yi ziyaret etmeyi planlamaktadır. Ancak vardıklarında Lucy’nin ortadan kaybolduğunu öğrenmektedirler. Bunun üzerine Paddington, Henry, Mary, Jonathan ve Judy, onu bulmak için Amazon yağmur ormanlarına ve dağ geçitlerine uzanan bir arayışa çıkmaktadır. Yol boyunca izler toplamaktadırlar, yerel işaretleri takip etmektedirler ve karşılarına çıkan gizemli ipuçlarını çözmeye çalışmaktadırlar. Arayışın ortasında Paddington, ailesine ve kendi geçmişine dair yeni bilgilerle yüzleşmektedir. Teyze Lucy rolüyle Imelda Staunton da bu yolculukta önemli bir yerde bulunmaktadır.