Batkid Begins, lösemi tedavisi gören 5 yaşındaki Miles Scott’ın San Francisco’da bir günlüğüne Batman gibi kahraman olmasını anlatıyor. Miles’ın hayali için şehirde geniş bir hazırlık yapılmaktadır. Gönüllüler, polisler ve belediye ekipleri onun kostümünü giyip sokaklarda görev almasına yardım etmektedir. Miles, Batkid olarak suçluların peşine düşmekte, rehine kurtarmakta ve şehir içinde farklı görevlere katılmaktadır. Bu sırada San Francisco, onun için özel olarak düzenlenen etkinliklerle Batman’in şehrine dönüşmektedir. İnsanlar, küçük çocuğun istediği günü yaşaması için bir araya gelmektedir.