Batman: Hayaletin Maskesi'te, Gotham City'nin karanlık sokaklarında mafya üyeleri birer birer öldürülmektedir. Cinayetlerin Batman'in yöntemleriyle işlenmiş görünmesi üzerine polis ve yetkililer onu hedef almaktadır. Bruce Wayne, hem suçsuzluğunu kanıtlamaya hem de gerçek katili bulmaya çalışmaktadır. Bu sırada eski sevgilisi Andrea Beaumont şehre geri dönmektedir. Bruce, Andrea ile yarım kalmış geçmişiyle yüzleşirken Batman olarak da polislerden kaçmaktadır. Soruşturma, onu gizemli Phantasm'in izine götürmektedir. Joker'in de devreye girmesiyle şehirdeki takip daha da zorlaşmaktadır. Bruce, adını temizlemek için zamana karşı mücadele etmektedir.