Batman: Ninja Kaplumbağalar, Gotham’da çalınan teknoloji parçalarının peşine düşen Batman’in, Ninja Kaplumbağalarla istemeden ortaklık kurmasını anlatıyor. Şehirdeki soygunlar artınca Batman izleri takip ediyor ve olay yerinde Leonardo, Raphael, Michelangelo ve Donatello ile karşılaşıyor. Başta birbirlerine güvenmiyorlar, ancak hepsinin Shredder’ın peşinde olduğunu anlayınca aynı hedefte buluşuyorlar. Troy Baker’ın ses verdiği Batman, Robin ve Yarasa Kız ile birlikte hareket ederken, Eric Bauza’nın seslendirdiği Leonardo ekibi toparlamaya çalışıyor. Raphael, Michelangelo ve Donatello ise Batman’in kurallı tavrıyla sık sık çatışıyor. Grup, çalınan cihazların ardındaki planı araştırıyor ve Gotham sokaklarında Shredder’ın izini yakalamaya çalışıyor. Yönetmen: Jake Castorena.