Bayan Peregrine'in Tuhaf Çocukları'nda, Jacob Portman büyükbabasının ansızın ortadan kaybolmasının ardından onun bıraktığı izleri takip eder. Bu izler onu, normal insanların bilmediği gizli bir eve götürür. Orada Bayan Peregrine ile tanışır ve Emma, Millard, Bronwyn gibi tuhaf yeteneklere sahip çocuklarla aynı çatı altında kalmaya başlar. Jacob kısa sürede bu evde yaşayanların tek başına olmadığını, onları avlayan tehlikeli bir düşmanla karşı karşıya olduklarını öğrenir. Barron ve adamları eve yaklaşınca Jacob, gördüğü garipliklerin aslında kendi hayatıyla da bağlantılı olduğunu fark eder. Bu yüzden hem çocukları korumak hem de büyükbabasının geçmişini çözmek için harekete geçer.