Beethoven'ın Yeni Yıl Macerası, Noel arifesinde küçük bir kasabaya düşen bir Noel elfinin kayıp sihirli oyuncak çantasını geri almak için Beethoven ile birlikte verdiği mücadeleyi anlatmaktadır. Elf, Santa’nın kızağından savrulup yere inmektedir ve çantasını da orada kaybetmektedir. Beethoven, onu bulup yardım etmektedir. Kasabadaki dolandırıcılar çantayı ele geçirince iş büyümektedir. John Cleese’nin seslendirdiği anlatıcı, Mason ile Christine’in bu karmaşada nasıl yol aldığını aktarmaktadır. Beethoven, çantayı geri almak için sokak sokak iz sürmektedir. Zaman daralmakta, Santa’nın Noel hazırlıkları tehlikeye girmektedir. Kış ortasında kasaba halkı da bu arayışa katılmaktadır. Ancak Mason, Christine ve Beethoven son hamleyi yapmadan önce önlerine yeni engeller çıkmaktadır. Çanta bulunabilecek midir, yoksa Noel hazırlıkları tamamen aksayacak mıdır?