Before We Vanish'te, üç uzaylı Dünya'ya gelir ve büyük bir istilaya hazırlanır. İnsan bedenlerine girip kontrolü ele alırlar, böylece çevreye uyum sağlamaya çalışır. Narumi Kase, Shinji Kase ve Amano, ilk başta planlarını ilerletir. Ancak insan yaşamı bekledikleri gibi işlemez. Narumi Kase çevresindeki insanları anlamakta zorlanır, Shinji Kase kendi bedeni ve görev arasında sıkışır, Amano ise daha sert davranır. Akira Tachibana ve gazeteci Sakurai da bu garip değişimleri fark eder. Üç uzaylı, hem kendi aralarında hem de ele geçirdikleri bedenlerle mücadele eder. İstila hazırlığı sürerken, insanların duyguları ve davranışları işleri iyice karıştırır.