Baby Assassins'te, Chisato ve Mahiro lise çağında olsalar da kiralık suikastçı olarak çalışmaktadır. İkili, Tokyo’da günlük hayatın içinde para kazanmak için iş aramaktadır, ancak görevler ve yakuza bağlantılı tehditler peşlerini bırakmamaktadır. Chisato daha rahat davranırken, Mahiro disipline bağlı kalmak istemektedir. Bu fark, ortak hareket etmelerini zorlaştırmaktadır. Himari, Ippei ve Kazuki gibi çevrelerindeki insanlar da onların işlerini ve ilişkilerini baskı altına almaktadır. Sıradan bir iş kurma çabası, kısa sürede ölümcül çatışmalara dönüşmektedir. Chisato ve Mahiro, hem birbirlerine uyum sağlamaya hem de hayatta kalmaya çalışmaktadır.