Tony Gilroy, Bourne evrenini bu kez yeni bir karakter üzerinden kuruyor. Aaron Cross, gizli bir programın parçası olduğunu öğrenince kendi hayatı için kaçmaya başlar. Peşine düşenler onu izlerken, Dr. Marta Shearing de bu planın içine çekilir. Aaron, farklı şehirlerde izini kaybettirmeye çalışır, ancak her adımında yeni takipçilerle karşılaşır. Byer ve ekibi, programın açığa çıkmaması için baskıyı artırır. Aaron ile Marta, hayatta kalmak için birlikte hareket ederken, eski dosyalar ve gizli testler hakkında daha fazla bilgi edinir. Ancak bu bilgiler, onları daha büyük bir takibin içine sokar. Aaron, her geçen dakika daralan çemberden kurtulmaya çalışırken, kendi geçmişiyle yüzleşmek zorunda kalır.