Çılgın Çocuklar, eski ajan anne ve babalarının kaybolan meslektaşlarını ararken çocuklarının da peşlerine takıldığı bir casus macerasını anlatıyor. Carmen ile Juni, sıradan bir aile hayatı yaşadıklarını sanır ve anne babalarını sıkıcı bulur. Ancak Gregorio ve Ingrid, geçmişte çok gizli görevler üstlenmiş iki ajandır. Eski dostları birer birer ortadan kaybolunca yeniden işe koyulurlar. Alexa PenaVega'nın oynadığı Carmen, bu arayışta kardeşiyle birlikte gizli bir dünyaya adım atar. Juni de ona katılır ve ikisi, evde gördüklerinden çok daha farklı bir hayatla karşılaşır. Bu sırada Fegan Floop'un çevresinde dönen işler, Cortez ailesini daha da dikkatli olmaya zorlar.