Çirkinler, herkesin zorunlu estetik operasyonla “uyumlu” hale getirildiği bir dünyada, kaybolan arkadaşını arayan Tally’nin hikayesini anlatıyor. Tally, operasyon sırasını beklerken Shay’nin aniden ortadan kaybolduğunu öğrenir. Bunun üzerine şehirden ayrılır ve onu bulmak için tehlikeli bir yolculuğa çıkar. Yol üstünde yer altındaki gizli gruplarla karşılaşır, yasadışı estetik kliniklerine girer ve iz sürdükçe yeni tehditlerle yüzleşir. David ona yardım ederken, Dr. Cable ve onun kontrolündeki düzen Tally’nin peşini bırakmaz. Tally, hem arkadaşına ne olduğunu anlamaya çalışır hem de yaşadığı toplumun karanlık tarafına yaklaşır.