Cooties'te, Clint, Lucy, Wade, Tracy ve Rebekkah okulda mahsur kalır, çünkü küçük bir virüs çocukları tehlikeli hale getirir. Koridorlarda dolaşan öğrenciler onlara saldırır, öğretmenler ise sınıflar arasında sıkışıp kalır. Clint çıkış yolu arar, Lucy yaralılara yardım etmeye çalışır, Wade plan kurar, Tracy panikler, Rebekkah ise gruba ayak uydurur. Okulun içinde ilerledikçe kapılar kapanır, telefonlar işe yaramaz ve güvenli bir yer bulmak zorlaşır. Salgının nereden geldiğini anlamaya çalışırken, her adımda yeni bir çocuk önlerine çıkar. Beşli, hayatta kalmak için birlikte hareket eder ve bu binadan çıkmanın bir yolunu arar.