Kozmik İstila, emekli bir generalin, Dünya’yı tehdit eden uzaylı saldırısını durdurmak için yeniden cepheye dönmesini anlatıyor. 2524 yılında James Ford, uzak bir gezegendeki askerlere yapılan saldırı sonrası göreve çağrılır. General Eron Ryle ile birlikte seçkin bir ekip kurar ve Vander Madencilik Şirketi’nde devriye görevi yaparken uzaylılarla ilk teması yaşar. Bu karşılaşma kısa sürede çatışmaya dönüşür. İnsanlar, uzaylıların bedenleri ve zihinleri ele geçirebildiğini öğrenir. Ford ve ekibi, Q-bombasıyla bu tehdidi durdurmak için plan yapar. Dünyayı büyük bir istiladan korumak için zamanla yarışırlar.