Denizci 3, Gizli Tehlike, evine dönen bir askerin kaçırılan kız kardeşini kurtarmak için tehlikeli bir suç örgütünün peşine düşmesini konu alıyor. Jake Carter izinden döner dönmez ailesinin hedef alındığını öğrenir. Kız kardeşi Lilly acımasız bir grup tarafından kaçırılır. Jake vakit kaybetmeden iz sürer ve onları şehir dışındaki bir üsse kadar takip eder. Jake Carter rolüyle Mike Mizanin, tek başına hareket eden ve durmadan risk alan askeri oynar. Jake baskın hazırlığı yaparken grubun sıradan bir kaçırma işi peşinde olmadığını fark eder. Jonah Pope rolüyle Neal McDonough, planını soğukkanlı biçimde yürüten örgüt lideri olarak karşısına çıkar. Jake hem Lilly’i kurtarmak hem de hazırlanmakta olan ölümcül saldırıyı durdurmak için zamana karşı savaşır.