Denizde İsyan, İkinci Dünya Savaşı sırasında bir savaş gemisinde disiplinin bozulması ve gemi komutasına karşı gelişen başkaldırıyı anlatmaktadır. Humphrey Bogart’ın canlandırdığı Queeg, Caine’i yönetirken sert kurallar uygulamaktadır ve bu tutumu kısa sürede tayfanın tepkisini toplamaktadır. Robert Francis’in oynadığı Willie Keith, gemide yaşanan baskıyı yakından izlemektedir. Van Johnson’ın canlandırdığı Maryk, Queeg’in art arda verdiği sorgulanan emirlerin ardından harekete geçmektedir. Fred MacMurray’in oynadığı Keefer da bu gerginlikte yer almakta, kararlar daha da ağırlaşmaktadır. Sonunda Queeg’in gemiyi ölümcül bir tayfunun içine yöneltme emri, isyanın fitilini ateşlemektedir.