Derin Sular, görevleri için farklı ülkelere giden James ve Danielle’in uzaktayken ayakta kalmaya çalışan ilişkisini anlatıyor. James, bir hidrolojik projeyle uğraşırken tehlikeli bölgelerde çalışıyor, Danielle ise denizaltı araştırmaları için kuzeye doğru yola çıkıyor. İkisi de işlerinin peşinden koştururken zaman buldukça haberleşiyor. Ancak aralarındaki mesafe büyüyor, görüşmeleri azalıyor. James, riskli bir görev sırasında baskı altında kalıyor. Danielle de kendi çalışmalarında yoğun bir sınav veriyor. İkisi, birbirlerine bağlı kalmaya çalışırken kişisel hayatları ile meslekleri arasında sıkışıyor.