Derinlikte Dehşet, açık denizde mahsur kalan bir yolcu gemisinde yaşanan saldırı ve hayatta kalma mücadelesini anlatıyor. Güney Çin Denizi'nde ilerleyen Argonautica, iletişimin kesilmesiyle dış dünyadan kopuyor ve kısa süre sonra suyun altındaki bir cisme çarpıyor. Çarpışma gemide hasar yaratıyor, bazı yolcular ve mürettebat ölüyor. John Finnegan'ın peşine düştüğü kurtarma planı, gemide dolaşan garip sesler ve kaybolan insanlar yüzünden hızla değişiyor. Famke Janssen'in oynadığı Trillian St. James, olayların ortasında ayakta kalmaya çalışırken, Simon Canton ve Joey Pantucci da kendi çıkarlarının peşinde koşuyor. Denizden gelen yaratık iddiaları ortalığı karıştırıyor, Hanover ise bunlara kulak asmıyor. Gemidekiler, içeride ve dışarıda neyin onları avladığını anlamaya çalışırken kapana kısılıyor.