Eyvah Çocuklar Küçüldü!, evde yaşanan bir kaza sonrası çocukların beklenmedik biçimde küçülmesiyle başlayan aile macerasını anlatıyor. Bilimle uğraşan Wayne Szalinski, bahçedeki deneylerini evinin içine taşır ve yaptığı cihaz yüzünden çocuklar gözden kaybolacak kadar küçülür. Wayne ve Diane onları aramaya koyulur, ama ev artık onlar için dev bir araziye dönüşür. Çocuklar çimenlerin, böceklerin ve su birikintilerinin arasında yol bulmaya çalışırken, evin içi de tehlikeli bir savaş alanı haline gelir. Hikâyenin ortasında Rick Moranis'in oynadığı Wayne Szalinski ile Marcia Strassman'ın can verdiği Diane Szalinski çare ararken, dışarıda Matt Frewer'ın Big Russ Thompson ve Thomas Wilson Brown'ın Little Russ Thompson ile yolları kesişir. Çocuklar eve geri dönebilecek midir?