Final Fantasy: The Spirits Within, Aki Ross’un gördüğü gizemli bir rüyanın ardından sekiz ruhu bulup Dünya’yı kurtarma çabasını anlatıyor. Aki, gezegeni saran karanlığı durdurmak için Dr. Sid ve Derin Gözler Filosu ile birlikte yola çıkıyor. Ruhların her biri uzak ve tehlikeli yerlerde saklı duruyor, bu yüzden ekip hem zamanla hem de zorlu koşullarla mücadele ediyor. Aki, yol boyunca askerî engellerle karşılaşıyor, iz sürdükçe yeni kayıplar ve yeni riskler ortaya çıkıyor. Görev ilerledikçe kendi korkularıyla da yüzleşiyor ve insanlığın kaderini değiştirecek bu arayışta ayakta kalmaya çalışıyor.