Oyunlardan taşan savaşın iki yıl sonrasında, Cloud, Midgar çevresinde ağırlaşan Geostigma salgınıyla uğraşıyor. Eski ekipten Tifa onun yanında duruyor, Rufus Shinra ise başka bir cephede ayakta kalmaya çalışıyor. Cloud, kaybolan çocukları ve ortaya çıkan üç gizemli adamı izlerken şehirde saldırılar artıyor. Takahiro Sakurai’nin oynadığı Cloud Strife, Ayumi Itô’nun oynadığı Tifa Lockhart ile birlikte hastalığın kaynağını araştırıyor. Bu sırada Kadaj ve adamları, Jenova’nın izini sürerek yeni bir çatışma başlatıyor. Cloud yeniden kılıcını eline alıyor, sokaklar daralıyor, savaş Midgar’ın içinde büyüyor.