Darwin, özel eğitimli bir kobay ajan takımının lideridir. Gizli görevlerde çalışan bu küçük ekip, gelişmiş silahlar ve dövüş becerileriyle donatılmıştır. Ekip, dünyayı ele geçirmeye çalışan zengin bir iş adamını durdurmak için harekete geçer. Darwin, Hurley, Blaster ve Juarez, evlerin içine, laboratuvarlara ve tehlikeli tesislere girip iz sürer. Ancak görev sırasında takımın yolu bir köstebek olan Speckles ile kesişir. Speckles, onlara düşmanın planı hakkında önemli bilgiler verir. Kobaylar, hem peşlerindeki insanlardan kaçmaya çalışır hem de planı bozmak için zamana karşı yarışır.