Gizli Ajan Şempanze'te, C.I.Ape gizli bir görev için seçiliyor ve uluslararası bir suç örgütünün izine düşüyor. Rebecca ile birlikte hareket ederken Chrome Dome ve Queen Evil’in adamları peşine takılıyor, Jungle Staff ise onun ilerleyişini zorlaştırıyor. C.I.Ape, şehirden gizli merkezlere uzanan takiplerde ipuçlarını topluyor, tuzaklardan kurtuluyor ve karşısına çıkan engelleri zekasıyla aşıyor. Görev büyüdükçe risk artıyor, C.I.Ape de örgütün planını bozmak için daha dikkatli davranmak zorunda kalıyor. Sonunda düşmanlarını tek tek alt ediyor ve işi tamamlamaya yaklaşıyor. Filmin oyuncu kadrosunda Angel Rosario Jr., Madelyn Kientz, Michelle Sander, Ginifer Ree, Leah N.H. Philpott yer alıyor.