Gizli Dosya, George Bush’un askeri geçmişiyle ilgili bir haberin hazırlanmasını ve ardından çıkan tartışmayı anlatıyor. Mary Mapes, Dan Rather ve ekip arkadaşları, Bush’un Ulusal Muhafızlar’daki hizmetini gösteren belgeleri toplar ve bunların doğruluğunu araştırır. Haber yayına girince belgelerin sahte olduğu iddiası ortaya çıkar. Bu iddia, Mary Mapes ve Dan Rather’ı zor durumda bırakır. Lucy Scott ve Andrew Heyward, yükselen baskı altında süreci takip eder. Roger Charles ise soruşturmanın askeri tarafında yer alır. Ekip, hem haberin doğruluğunu hem de kendi meslek sınırlarını korumaya çalışır.