Mark Russell, kripto zooloji ekibinin içinde yer alan bir bilim insanıdır. Dünya, Godzilla, Mothra, Rodan ve üç başlı Kral Ghidorah arasındaki güç savaşına sahne olmaktadır. Mark Russell, Emma Russell ve Madison Russell ile birlikte bu devlerin ortaya çıkardığı yıkımın ortasında kalmaktadır. Dr. Ishiro Serizawa ve Dr. Ilene Chen, yaratıkların hareketlerini izleyip insanlığı korumaya çalışmaktadır. Ancak Ghidorah’ın saldırıları artmakta, Godzilla ile yaşanan çatışma daha da sertleşmektedir. Aileler dağılmakta, şehirler ağır hasar almaktadır. İnsanlar, bu devlerin savaşında ayakta kalmaya çalışmaktadır. Peki, Mark Russell bu ölüm kalım savaşında sevdiklerini korumayı başarabilecek midir?