Godzilla, Manhattan’a doğru ilerleyen dev bir canavarı durdurmaya çalışan bir grubun hikayesini anlatıyor. New York’ta büyük bir yıkım başlar, sokaklar boşalır, ordu peşine düşer. Dr. Niko Tatopoulos, yaratığın izini sürer, Audrey Timmonds olayı kayda almaya çalışır, Victor Palotti ise haberin peşinden gider. Philippe Roaché ve Colonel Hicks, şehri korumak için plan yapar, ama Godzilla hızla ilerler. Ekip izleri takip eder, tünellerde ve limanda arama yapar, her adımda daha büyük bir tehdit ile karşılaşır. Godzilla şehre yaklaşırken, herkes onu durdurmak için zamanla yarışır.