Godzilla: Canavar Gezegeni, insanların dünyayı istila eden dev yaratıklardan kaçıp yeni bir yaşam alanı ararken verdiği hayatta kalma mücadelesini anlatıyor. 2048 yılında Godzilla ve diğer canavarlar dünyayı ele geçirir, şehirler yıkılır ve insanlar gezegeni terk etmek zorunda kalır. Haruo Sakaki, insanlığın geri dönmesi için savaş açar ve kaybedilen dünyayı yeniden almak ister. Bu amaçla yolculuk başlatılır, fakat gidilen yeni gezegen de bekleneni vermez. Haruo Sakaki ve ekibi, hem orada tutunmaya hem de yeniden dünyaya dönmenin yolunu bulmaya çalışır. Ancak karşılarında yalnızca canavarlar değil, insanları zorlayan sert koşullar da vardır. Haruo Sakaki bu ölüm kalım savaşından sağ çıkmayı başarabilecek midir?