Godzilla vs. Kong, Titanların kökenini araştıran bir ekibin gizemli bir bölgeye gidip dev yaratıkların izini sürmesini anlatıyor. Nathan Lind, Ilene Andrews, Jia, Bernie Hayes ve Madison Russell, bu yolculukta Titanların tarih öncesinden beri yaşadığını öğrenir. Ekip, bölgede ilerledikçe iki dev yaratık arasındaki eski düşmanlığın izlerine rastlar. Nathan ve Ilene, karşılarına çıkan işaretleri çözmeye çalışır. Jia, Titanlarla güçlü bir bağ kurar. Bernie ve Madison ise elde ettikleri ipuçlarıyla olayların ardındaki nedeni anlamaya uğraşır. Yolculuk boyunca ekip, hem doğanın ortasında hem de Titanların çatışmasının gölgesinde dikkatli davranmak zorunda kalır.