Godzilla vs. SpaceGodzilla'te, Godzilla iki güçlü tehditle karşı karşıya kalır. Birleşmiş Milletler, onu durdurmak için Mogera adlı büyük bir makine gönderir. Bu sırada uzaydan gelen Space Godzilla, Godzilla'nın uzayda kalan parçalarından doğmuş halde ortaya çıkar ve saldırılar düzenler. Koji Shinjo ve Kiyoshi Sato, Mogera'nın hareketlerini yönetmeye çalışır. Miki Saegusa, Space Godzilla'nın hedefini anlamaya çalışır. Takaaki Aso ve Susumu Okubo, şehirleri korumak için plan yapar. Ancak çatışma büyür, binalar yıkılır, insanlar kaçışır. Godzilla da kimi zaman geri çekilir, kimi zaman saldırıya geçer. Peki bu savaşta kim ayakta kalır?