Godzilla: The Planet Eater, Ghidorah’ın gelişiyle insanlık, uzaylı müttefikleri ve Godzilla arasında yaşanan büyük çatışmayı anlatıyor. Ghidorah dünyaya indiğinde şehirler hedef olur, insanlar panikle kaçışır ve Haruo Sakaki ile ekibi hayatta kalmak için yeni bir yol arar. Mamoru Miyano’nun oynadığı Haruo Sakaki, bu kargaşada grubunu bir arada tutmaya çalışır. Metphies, Godzilla ile Ghidorah arasındaki mücadeleyi kendi planına çevirmeye çalışır. Yuko Tani, Martin Lazzari ve Adam Bindewald da bu süreçte farklı cephelerde yer alır. Godzilla, güçlü rakibine karşı harekete geçer, yıkım artar ve herkesin atacağı adım daha da zorlaşır.