Bir meteor yağmuru, uykudaki Godzilla’yı yeniden uyandırır. Bu sırada Cosmos adlı iki küçük peri, Mothra’yı çağırır ve Battra’ya karşı yardım ister. Battra, insanlığı yok etmek için ortaya çıkmıştır ve hedefi doğrudan Dünya’dır. Godzilla’nın yeniden sahneye çıkmasıyla üçlü bir çatışma başlar. Takuya Fujita, Masako Tezuka ve Kenji Andoh, olayların ortasında kalır. Professor Fukazawa, karşılarına çıkan bu dev tehdidi anlamaya çalışır. Yuzo Tsuchiashi de gelişmeleri yakından izler. Canavarlar arasındaki savaş büyüdükçe insanlar güvenli bir yer bulmaya çalışır. Ancak her yeni saldırı, durumu daha da zorlaştırır.